1912年10月，辛亥革命后的中国，百业待举。中国政府在北京创建了国立北京医学专门学校（北医的前身），这是中国人自己创办的第一所传授西方医学的医学学校。1914年12月30日，教育部批准学校附设诊察所。
1915年2月15日，诊察所正式开诊——这就是北京大学第一医院（以下简称“北大医院”）的前身。当时诊察所仅有医员、护士及事务员共13人。医学专门学校的教员不仅要进行教学，还需要到诊察所看门诊。第一天有3位患者，一月后，每天增加至70余人，之后前来就诊的患者络绎不绝。此后，悬壶济世，治病救人，岁月变迁，已是峥嵘百年。
回首百年路，北大医院的历史是一段活脱脱的中国近现代史写照。有所为有所不为；有窘迫，也有辉煌；有支离破碎，也有整合统一；有跟随历史的无奈，也有坚定不移的选择；有外界杂音的纷扰，也有宁心致志的研究……正如院长刘玉村所言，北大医院的发展紧跟时代步伐，但绝不随波逐流。时代选择了北大医院，北大医院也选择了与众不同的自强之路。
战乱中：顽强生长
诊察所初建，百废待兴。在初期建设者的努力之下，外科手术室、病室、施诊室内科检查室、女病室、产室、X光线室、外科手术室等在随后几年内相继设置。1928年为了满足医疗和临床教学的需要，诊察所被扩充为医院。因先前的后孙公园校舍不能满足教学、医疗的需要，学校请求拨地处西单以北、背阴胡同空闲的审计院旧址为医院院址。但北平当局置之不理，迫不得已，院长和师生在11月冒着风雪严寒、数次坐以待旦地请愿，当局同意将背阴胡同空闲的审计院房屋拨给学校作为附属医院院址。其时，“国立北京医学专门学校”已被合并更名为“国立北平大学”。从此，医院有了百余张病床，京城内的老百姓习惯称之为“平大医院”。
1929年，附属医院根据北平大学拟定的《组织规程》，医院已分内、外、妇产、小儿、皮肤花柳、眼、耳鼻咽喉、理疗8科。并由院长、临床各科主任及药局主任组成医院会议，讨论医院兴革事宜、医院规程事项、预算决算事项和其他重要事项。“研究高深学术，培养医学专门人才”是医学院的宗旨。1930年，根据组织规程规定，由临床各科主任投票选举，学校聘内科教授吴凤翔兼任附属医院院长。此时，医院结构已基本齐全。
2008年，北大医院党委副书记刘玉和当时在医院党院办负责整理院史。他在查阅史料时发现，当时的医学教育家大部分都是临床医生，每一位校长也都同时承担着临床工作。
接收了背阴胡同的房屋，医院也进入了兴旺发展期。不仅临床各科增聘了教授，还增添了医疗设备；外科建成了阶梯手术室，以示教学生；为收容急性传染患者，增添了第一隔离病室；租用东邻民房，建立了第二隔离病室收容肺结核患者，并且开展人工气胸疗法（包括双侧人工气胸术）提高治疗效果和扩大治疗患者的范围。由于当时尚无治疗结核的特效药，内科门诊肺结核患者特别多，增设了临床细菌血清检验室及动物室。儿科门诊对临床患儿的呕吐物及排泄物当即化验，然后才做处理。及时准确的检验，既有利于患者，取得良好效果，又为教学和科研的发展奠定了基础。
抗日战争时期，医院也在后方医疗救治中全力支持抗日。1933年3月，日寇攻占了热河，进逼关内，中国守军在长城各口同日军展开激战，伤员很多，急需救治。医院借来了重伤医院，全院设九个病室、两个手术室和一个药局。医院派出了医生和护士，担任伤员的义务救治。院方除了供给救护人员中、晚两餐，并不支薪金。医院仅4月份就收治各医院转来的重伤员300多人。医护人员们的工作极为紧张，常常早上8点上手术台，一直到晚上9点才结束。当时有报道称：“该院全体医士，皆不避艰苦、勇于任事。有时因运输不便，伤兵到达多在夜间，敷药裹创，往往待至天明方能竣事，身体虽已疲乏万分，但绝无一疏怠者，此种服务精神，不胜感佩。”当时的北平军分会也表彰了医院为抗击日本侵略者做出的贡献。
作为当时北平大学医学院唯一的附属医院，医院规模有百余张病床，学生临床实习的时间很短，但却很认真。这一时期的许多学生后来成为国内著名的医学家，如沈鼎鸿、陈康颐、吴公良、潘世晟、历煜华、沈克敏、隋式棠、王兆麟、姜泗长、郭仓、史克宪等。
1937年7月，卢沟桥事变后北京沦陷。9月，彼时的北平大学西迁，组成西北临时联合大学，医学院改称临大医学院，大批医务人员随迁。医学院由于断绝了经费来源，院务完全停顿，附属医院也因为没有经费，医生们只照常开诊，但停止接收住院患者。
1938年3月，附属医院重新开院，接收患者。1942年2月，日本侵略者封闭了美、英等国在华创办的协和医学院、燕京大学，两校转来一批学生。4月，协和医学院转来部分较强造诣的教员和医生。融入各家医院的医疗力量，也带入优秀的制度和理念，也为此后医院的发展奠定了基础。
1945年8月，原协和医院院长王锡炽任北平大学医学院附属医院院长。他是曾留学美国、攻读医院管理并获博士学位的专家。他会同各科主任及护理部主任，按照美国医院的管理办法，制定了医院的各项制度，特别是对医疗质量起了积极作用的住院医生制度和护理制度。为了顺利施行住院医生制度，王锡炽聘请了已经是主治医生的邓庆曾、吴阶平、严仁英、赵锡祉等人重新做起住院总医生，以贯彻新制度的实行。住院医生制度的建立，对医院的医疗、教学、科研工作都起到了很好的推动作用，住院医生经过这一阶段严格的锻炼，都能独当一面，成为医疗技术好、科研能力强、教学水平高的合格医务人员。这一时期，医院建立了一整套规章制度和管理制度，成为有较高医疗、教学、科研水平，在百姓心目中威望较高的附属医院。
1946年7月，北平临时大学补习班第六分班连同附属医院并入北京大学，成为北京大学医学院附属医院，“北大医院”由此得名，时任院长为久负盛名的医学教育家和皮肤性病学家胡传揆。
此后，医学院设立了五大委员会，并通过医院委员会计划医院的院务。医院承担临床课程包括检验诊断学、内科学、小儿科学、神经精神病学、皮肤花柳病学、外科学、整形外科学、眼科学、耳鼻喉科学、妇产科学、放射学等的教学，以及最后一年在临床各科轮转实习。当时，临床各科汇集了一大批卓有成就的国内外知名学者。他们是传染病学家吴朝仁、肾脏病学家王叔咸、泌尿外科学家谢元甫、儿科学家诸福棠、皮肤花柳病学家胡传揆、眼科学家毕华德和刘家琦、普通外科王大同等。
战乱之中，初建的窘迫、条件的艰苦考验着北大医院奠基者的信仰和医德，不仅为早期的中国医疗卫生事业造就了一批行业先驱，而且成就了仁心仁术，在医疗技术上启蒙和引领了中国医学的发展。
“其实北大医院早期的历史就是北医的历史，两者的历史轨道是重叠的。”刘玉和说。
建国初：兴起中起伏
1949年10月1日，中华人民共和国中央人民政府正式宣告成立，北平改称北京。北京大学由中央人民政府教育部直接领导。
医院旧有房舍都是四十年前的建筑，经修缮后，勉强充作病房，共有170床位。新建门诊楼（西安门大街）因经济条件的限制，未能扩大到理想的标准，门诊部患者平均每日450人，另加牙科门诊每日约100人。
1950年1月，党中央和政府非常关注医院的建设和发展，决定将北京大学医学院划归卫生部管辖。北大医学院院长胡传揆兼任北大医院院长。此时的医院有病床134张，月平均门诊1260人次，住院272人次。
经历了多年炮火的洗礼，新中国满目苍夷，百废待兴。很多正在国外深造的医生，如严仁英、王光超、谢荣、张丽珠、郑中立、李凤鸣、杨克勤、秦振庭、陈景云、伍正谊、刘家琦、王叔咸、李家忠等专家冲破重重阻力回到祖国，成为新中国医学事业的中坚力量。
虽说北大医院是医学院的附属医院，但当时在医务人员中仍存在着重医疗、轻教学的思想。教学组织机构不健全，缺乏具体指导与检查；医务人员的服务态度和医院管理中也存在不少问题。医院成立了由胡传揆、吴朝仁、吴阶平、陈琦、彭瑞骢五人组成的总结工作委员会，以摸清情况，找出问题，采取措施，进行改进。广大医务人员对旧的医疗思想进行了检查，改革了旧的医疗制度，评选出严仁英等9名模范的医生、护士、技术员和职员，形成了良好的风气。从北京解放到1951年底，医院进行接管和改造整顿，组织、思想、业务工作不断得到加强。
1952年，全国进行院系调整。北京大学医学院脱离北京大学，改称“北京医学院”，医院随之更名为北京医学院附属医院。
和平的环境催生了医院科研事业的萌芽。1955年5月，北京医学院举行第一次学术报告会，吴阶平教授根据临床和实验研究，提出了“肾结核对侧肾积水”的新见解。外科李家忠教授带领全科成功完成第一例二尖瓣手术。内科大量开展肝的活体组织检查，初步掌握了凝血检查法；成形科不断改进技术，提高了拇指再造、鼻成型和唇修复等手术水平；麻醉科在临床治疗中应用冬眠疗法；妇产科采用无痛分娩等，开始了向科学进军。
1956-1958年间，北大医院先被扩建成两个医院：第一附属医院（府右街原址）和第二附属医院（西什库医学院旧址），两个医院共726张病床，后又合并，改称“北京医学院第一附属医院”。原属第一附属医院的精神病医院和结核病院隶属关系不变；市立第七医院旧址划归第一附属医院作为妇产科和小儿科的门诊和病房。在当时的背景下，足见北大医院已经发展到一定规模。
1961年，卫生部教育司在北大医院内、外科做了重点调查分析，从总结医院工作入手，针对医教关系、提高医疗和教学质量、加强医院管理等方面的问题，拟订了《北京医学院第一附属医院暂行工作条例（草案）》，对附属医院的工作做了明确具体的规定：医疗为主，保证教学，全面安排，提高质量。
此后，医院还制定了《住院医生培养考核暂行办法》，对住院医生的培养目标、办法和各阶段工作的要求以及在医疗、教学、科研各方面应达到的水平，做了具体规定，并取得成效。
1962年《高教六十条》出台，补充规定明确“附属医院建立医院党委领导下的院长负责制”，医院成立了教学办公室、科研办公室等，配备了专职干部。医院管理的加强，通过加强科主任的作用，明确各级医务人员的职责；整顿诊疗常规，健全各项医疗制度，严格各项操作规程，加强病案管理和门急诊工作；特别是全面实行住院医生24小时负责制，加强了住院医生的基本功训练，提高了住院医生的医疗技术水平。
为了培养青年医生，医院举办了各种讲座。尤其是胡传揆主持医院工作期间，多方聘请知名专家教授来校任教或讲学。不仅弥补了年轻医生理论知识和科技方法的不足，而且更新了知识，每次讲座都座无虚席，深受广大医生的热烈欢迎。同时，胡传揆坚持教师的队伍要相对稳定，让有经验的教师站在教学第一线。他富有远见地认识到，要提高中国科技水平、实现四化、振兴中华，人才是最宝贵的。
原北大医院皮肤性病科主任朱学骏对当年医院治学严谨的态度记忆犹新。“把患者放在第一位”也是朱学骏在进入北大医院后最深的感触。此外，当时的临床带教老师重视物理诊断，而今天的医院过多使用仪器设备，导致医生对仪器也产生了过多的依赖性。他对“物理诊断的传统今天正在丢失”的现状很是惋惜。
这一时期，医院的肾病、麻醉科等专业在国内外已经有了较高的学术水平，一些新兴的学科专业也崭露头角。医院具有了一定的科研工作实力，并将肿瘤、神经衰弱、肝炎、溃疡病、心血管病、泌尿科、麻醉科、内分泌代谢等十个领域作为重点研究项目。另外，眼科的青光眼、神经科的神经病理、骨科的骨折愈合机制等是各科自己确定的研究课题。左启华教授在全国最早组成了小儿神经亚专业组，并已开始进行小儿癫痫的临床研究。
为了促进科室发展，医院将泌尿外科的床位扩大到30张，建了生化病理实验室及麻醉科实验室。1963年，在原卫生部的支持下，医院重点充实新建了中心实验室、病毒实验室和抗菌素实验室，增购了相应的设备。麻醉科还因陋就简，自己动手从废品堆里捡来弃件，改装成性能良好的仪器。1963-1964年间，原卫生部相继批准北大医院建立了泌尿外科、肾炎代谢等研究室。为科研队伍的建设创造了科研基础和条件。
1966年5月16日，文革开始了。医院党政领导或者被打倒，或者靠边站，医院处于无人负责的混乱状态。日常工作受到严重干扰，医疗质量下降。面对这种情况，广大干部和医务人员本着对患者负责的原则，顶住压力，排除干扰，坚持门诊和病房的医护工作，使医疗工作得以进行。与全国各地一样，北大医院也经历了“十年浩劫”，各项工作受到严重破坏。文革期间，科研工作处于停顿状态。但就在这艰难的环境中，医院放射科仍旧试制成功干板显影技术等。
文革对于大多数人来说是不堪回首的记忆，对于朱学俊来说，却是十分难忘。因时任院长胡传揆被迫停止工作转到皮肤科，朱学骏得到了千载难逢的学习机会。此外，胡传揆还为他请来著名的麻风病专家李桓英，专门教他免疫学。这些让朱学骏终生难忘。其实，胡传揆作为新中国皮肤学科的创始人之一，在教学和临床实践中培养了许多学生，其中不少人成为各地的皮肤专家和领导骨干。
当时，像胡传揆一样无私奉献的老一辈专家学者在北大医院有很多。在他们的带动下，医院形成了良好的风气，也形成了医院厚道朴实的传统。王光超、严仁英夫妇就是很好的例子。现任北大医院党委书记刘新民经常在各种场合讲述他们的事迹，“当年王光超教授看门诊是出了名的，他从早上8点看到下午2点才看了七、八个，但他就是为患者着想，一个一个地问，不厌其烦地讲，还不忘跟因病情而有压力的患者唠唠家常，真的是非常负责！”严仁英教授是著名妇产科和妇幼保健专家，被誉为“我国围产保健之母”，曾于文革后全票当选北大医院院长，可谓是“德技双馨”。
医院发展的曙光在文革后期逐渐显现。1976年，医院终于有了新门诊楼的基建任务。粉碎“四人帮”后，新门诊楼竣工。1977年，北京医学院恢复由原卫生部领导，医院秩序逐渐恢复。同时医院各临床科室原有的“亚专业”也重新恢复专业活动。
改革开放：辉煌和沉寂
改革开放的大环境，为中国的医学事业发展提供了沃土。北大医院作为当时医疗界的领军力量，依靠厚实的医疗基础，借政策的东风，在医、教、研三方面都有突飞猛进的提升。
1978年，国务院决定给高等院校教师评定技术职称，1979年经上级批准，医院晋升教授30名，副教授59名，讲师、主治医生18名。这表明了医生的学术业务水平和从事专业工作的能力得到了政府和社会的承认，此举有力地调动了广大知识分子的积极性和上进心，有力地提高了医疗、教学、科研工作质量。
北京医学院根据第六次党代会提出的把学校建成教学中心、科研中心和医疗中心的精神，批准成立了由北大医院谢荣教授担任所长的临床医学研究所和顾方六教授任所长的泌尿外科研究所。同年，研究生招生在中断12年之后开始恢复。医院第一批建立的博士点为13个，博士导师16人。同年9月，恢复研究生招生，医院首批招收20名研究生。
1979年，在改革开放形势的鼓舞下，医院积极组织业务人员学习外语，举办外语学习班，医务人员参加教育部组织的全国海外学习人员英语考试，被录取者可公派走出国门，开展国际交流，努力学习国外的先进科学技术。这些出国进修的临床科室医务人员，多数按时回国，并成为各科在80年代中期以后的主要骨干。朱学骏是第一批公派出国医生。这次出国让他受益匪浅，他见识了世界上最好的皮肤科专家和水平，也是他在医疗事业上的一次重大转折。为他此后教授并引领一批遍布全国的皮肤科骨干打下了良好基础。
1983年起，医院率先实行以岗位责任制为中心的医院管理改革。通过制定和完善各类各级人员的工作职责、诊疗常规、医疗护理工作制度、医疗技术质量指标、医疗质量检查和考核制度，明确了责、权、利，使得医院的医疗质量和管理水平明显提高。医院管理研究室还开展管理研究，总结医院管理经验，探索医院管理规律，对改善医院管理起了良好的作用。医院在1985和1986年连续两年在原卫生部直属医院的检查评比中获居首位。
1985年5月14日，北京医学院更名为“北京医科大学”，医院随之更名为“北京医科大学第一医院”；1987年，医院开始同时使用第一医院和第一临床医学院两块牌子。
为了加快学科发展，医院加强了对重点学科的建设，经过国家教委论证，北大医院泌尿外科、麻醉科、小儿科、妇产科成为国家级重点学科。医院积极创造条件，在人力、物力、财力方面给予支持，建立起了条件良好的实验室。
随着人民生活水平的提高，医院的事业也不断发展。医疗工作量逐年增加，医院的建设有了改观。第一住院部建起了2万多平米的妇儿病房楼和3000平米的科研楼。医院添置了核磁共振仪、全身CT、彩色超声诊断仪、碎石机、心血管造影机、自动生化分析仪、监护仪、呼吸机等先进诊疗设备。集中全院大型精密仪器，成立中心实验室，挑选经过训练的、有博士或硕士学位的优秀医生担任研究室主任，使科研工作得到了迅速发展。
上世纪八十年代后期，医院的一些临床学科出现了二级学科的专业化分化。例如内科，先后分化出心脏内科、肾脏内科、消化内科、内分泌科、老年科等亚专科。专业人员的业务发展方向和病床、病区按病种划分，对深入开展临床科研和学科的发展更为有利。
九十年代以后，随着我国市场经济体制的逐步确立，医院改革势在必行，开始了由计划经济逐步向市场经济转轨的艰难历程，医院管理也开始了从经验管理向科学管理转变的探索。
期间，北大医院举办胸腔镜国际会议，将电视胸腔镜技术推广于临床。在北京地区率先开展了胸腔镜手术，成为国内最早开展此项技术的医院之一。此外，医院被国家认定为“三级甲等医院”。同年，被世界卫生组织（WHO）认定为爱婴医院。全院博士点增至17个，博士导师增至29人。
医疗工作通过深化改革、加强管理，经过全院职工共同努力，各项指标逐年提升。为了满足不同层次患者的医疗需求，开设了第二门诊、“高间病房”，改善了特殊患者的医疗需求；增加了点名手术、加班手术等特殊服务。
九十年代中期，医院为了顺应改革形势，在谋求自身发展的同时，更加深刻地感受到作为国家级的大型综合性教学医院，不仅要保持临床医学的旗舰地位，保证医疗高水平和服务高质量，转变管理理念向管理要效益；还要增强服务意识，坚持以患者为中心的服务方向。
1996年，为迎接党中央、国务院组织召开的建国以来的第一次全国卫生工作会议，医院抓质量、抓效益，坚持以患者为中心，加大了学科建设和人才梯队建设的力度，不断拓展医疗服务范围、扩大医院空间，使医院的运行处于良好状态。五官楼建成并投入使用，眼科（含小儿眼科）和耳鼻喉科分别由过去的38张和40张增加到60张和59张；原红楼内建立了拥有36张病床的放化疗病房；皮肤科病房也由原先的17张增至23张；肾内科血透中心搬至妇儿楼，床位从原来的9张增加到12张，而后再增加到20张。这一年，虽然北大医院在肿瘤所的96张病床迁走了，但总病床位数仍可达1140张。
随着我国医疗卫生体制改革不断深化，医院的生存与发展进入攻坚阶段。
多学科合作是一大亮点。泌尿外科、心外科、普外及麻醉科密切合作，成功为一患者切除巨大肾肿瘤；小儿科与心内科合作为一名出生仅6个月患先天性完全房室传导阻滞的婴儿安装了国内体积最小、重量仅18.5克的心脏起搏器。该患儿当时是国内安装起搏器最小的患者。心外科成功为一巨大室缺合并动脉导管未闭，继发重度肺动脉高压患儿实施室缺修补手术获得成功，证明了北大医院心外科的技术水平的稳定成熟。
2000年4月，北京大学与北京医科大学合并成为新的北京大学，医院更名为“北京大学第一医院”“北京大学第一临床医学院”。医院也抓住大好时机进行发展。
为了谋求发展，尽可能在有限的空间改善医院的环境，北大医院购置了门诊楼北面7218平方米土地。这块土地为医院拓展了发展的空间，为医院亮相平安大街创造了条件。
2000年，泌尿外科全年成功完成26例肾移植；普通外科率先成功完成北医系统肝移植手术2例，标志着北大医院在器官移植方面取得新的飞跃。眼科也开展了角膜羊膜移植手术；骨科朱天岳教授带领他的助手成功完成我国首例计算机仿生人工半骨盆置换手术。心血管外科在肖锋主任的领导下2000年成功完成了101例冠脉搭桥手术，超过历年总数。
2001年，北大医院与香港专家合作为2岁9个月的梁沃丹和父亲梁铁林成功完成我国北方地区最小幼儿亲体肝移植手术。医院引进国外最新技术，在国内最先开展了规范化的放射性粒子组织间插植治疗，并且应用于肝癌、前列腺癌、胰腺癌及头颈部、颌面部、骨科肿瘤的治疗，效果良好。
纵观整个九十年代，北大医院的医教研的成果是一份十分漂亮的成绩单，足见改革带来的红利已经充分促进了医院在医教研等各方面的发展。医院早期的医疗技术基础的积累也在发展中充分释放。
然而九十年代后期，医院却进入窘迫的发展阶段。这也是北大医院人感到十分惋惜的一段时期。人才断层、设备陈旧、空间局促……一系列制约医院发展的不利因素与当时疯狂发展期的兄弟医院形成了鲜明的对比。大医院林立中，北大医院发展的那么“不明显”。
一直守护着北大医院的老专家们心里十分着急。现任北京大学第一医院普外科主任万远廉表示，“医院也有努力过，但似乎没有找对发展方向”。
1999年，医院领导班子换届，提出的工作方针是“创难关，求生存，求发展”，可见管理者也充分意识到了医院面临的问题。
“由于地理位置位于北京二环以内，受政策限制，我们不可能像兄弟医院那样，一个楼盖十几层，一下子就解决了空间问题。没空间，医院规模上不去；没规模，效益就上不去；没效益，医生心气就上不去。”刘玉村曾在接受采访时表示。
与此同时，北大医院的人才也是青黄不接。作为新中国第一家国立医院，北大医院曾经辉煌一时，但随着上世纪80年代一批老专家退出历史舞台，而新的学科带头人还未建立起在学术圈的影响力，它的光环也逐渐褪去。“种种因素加在一起，让北大医院陷入了历史上的低谷，很多人都不看好我们。”刘玉村说。
骄傲的“贵族”低下了头，陷入了挣扎和沉寂。
2004年的“幼儿园事件”被看作各种矛盾彻底激化的标志性事件。8月4日，北大医院的幼儿园发生了一起精神患者砍伤幼儿园儿童事件，受伤者都是医院职工子女。因为事后的赔偿问题，医院领导层和普通职工之间、医院领导层内部形成了情绪上的不和谐，人心涣散。随后医院管理上的放松，医疗安全、医疗质量等各种问题频频出现，到2006年刘玉村接手的时候，问题已达到“顶峰”。
这也是时代留给刘玉村等医院管理者的严峻课题。
