一、农民专业合作社的税收优惠政策
为了扶持、促进农民专业合作社的发展，国家出台了一系列税收优惠政策，具体如：
第一，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
第二，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
第三，对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
第四，对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
第五，其他符合政策可以比照享受的如：
（1）新《企业所得税法》及其实施条例规定的税率优惠是针对纳税人的，能否享受这些优惠税率，企业应进行身份认定，“对号入座”。如符合条件的国家需要重点扶持的高新技术企业适用15%的税率；符合条件的小型微利企业适用20%的税率；而非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，可就其来源于中国境内的所得按10%的优惠税率缴纳企业所得税。只要符合规定条件，“企业”便是优惠的对象，相应所得都按优惠税率计税。
（2）新《企业所得税法》及其实施条例中突出了税基优惠的项目，但并非直接针对“企业”，而是针对企业特定项目的“所得”或“收入”、“扣除”。如从事农、林、牧、渔业项目的所得，从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得，从事符合条件的环境保护项目、节能节水项目的所得，符合条件的技术转让所得；符合规定的资源综合利用收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，国债利息收入；符合条件的固定资产加速折旧，技术开发费等项目的加计扣除，等等。需注意的是，这种税基式优惠是基于对特定产业、特定经营项目、特定行为给予的鼓励、照顾和宽免，并非一个企业的全部所得均可减税或免税。也正因如此，企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目时，应注意划分不同项目的所得。例如，应区分国债利息收入与国债转让所得，区分股息性所得和资本利得。对于经营性项目所得，应正确而又合理地配比不同项目收入与扣除之间的关系。
（3）新《企业所得税法》废止了原税法中的税额式优惠，如新办企业定期的减免税政策，只给新税法公布前批准设立的企业5年的税收优惠过渡期，从而限制了一些企业通过重复设立新办企业等手法进行避税的行为。新《企业所得税法》及其实施条例中保留的税额式优惠集中于购置环境保护、节能节水、安全生产等专用设备，可按其投资额的10%抵免企业当年的应纳税额；当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。企业购置的设备必须在规定目录内，但不论是进口设备还是国产设备，在新旧政策接轨期间，企业应关注投资发生额所属年度的具体界定标志——是签订合同日还是开票日？抑或是到货日或报关日？另外，“投资额”所包括的范围有多大？享受优惠时是否须向有关部门履行某种手续？这些具体政策也需要明确。
二、农民专业合作社存在的税收业务
目前，在农民专业合作社的业务经营中，涉税业务主要有：
第一，农民专业合作社存在与非成员的交易业务，这类业务的发生可能出现增值税等流转税，但税法对这类业务目前没有给予免税的规定。
第二，目前农民专业合作社的所得税没有法律依据可以全免，存在所得税征缴的业务。
三、对农民专业合作社税收政策及其核算的建议
第一，目前，由于尚未出台针对农民专业合作社税收业务的会计核算办法，在实务中对类似相关业务的财税处理会计人员常常感到无所适从，这不利于会计核算的准确和完整。
第二，所得税业务的存在，会影响农民专业合作社盈余计算公式，应尽快出台农民专业合作社税收全免的优惠政策，特别是所得税全免政策，或对现行的农民专业合作社会计核算办法进行完善，补充税收业务的核算办法及盈余计算公式。
